天水市果树研究所内设机构共11个，分别为：

办公室：

  负责单位文电、会议、机要、档案工作；负责综合性材料起草；负责法制宣传、来信来访；负责安全生产、安全保卫和护林防火工作；负责财务、后勤工作。

党建科：

  负责党委日常事务性工作，协调指导党委下属各支部工作；承担党风廉政和反腐败工作；负责干部人事、机构编制、党员教育管理等工作；负责精神文明建设、工青妇、离退休人员等工作。

科研管理科:

  负责制定单位科研计划、编制科研中长期发展规划；负责农业科技项目的申报、立项、组织实施以及成果鉴定验收、登记报奖等工作；负责全所知识产权管理、无形资产使用及保护；负责科技成果转化和技术培训工作；组织开展学术交流活动。

苹果研究中心:

  开展苹果、梨等仁果类果树种质资源收集、保存及利用；开展栽培新技术新模式、病虫害防控及采后处理技术试验研究与示苑推广；承担苹果、梨等仁果类果树科研创新和推广项目。

樱桃研究中心:

  开展大樱桃、桃、杏、李等核果类及小杂果类果树种质资源收集、保存及利用；开展栽培新技术新模式、病虫害防控及采后处理技术试验研究与示苑推广；承担大樱桃、桃、杏、李等核果类及小杂果类果树科研创新及推广项目。

花椒研究中心:

  开展花椒、核桃、扁桃、榛子等干果类种质资源收集、保存及利用；开展栽培新技术新模式、病虫害防控及采后处理技术试验研究与示范推广；承担花椒、核桃等干果类果树科研创新及推广项目。

植保研究中心:

  负责果树病虫害绿色防控技术研究与示范；监控果园有害生物，监测果树主要病虫害发生态势，发布“果树病虫情预测预报”；负责标本室日常管理以及各类标本制作和维护；负责管理农化实验室，植保实验室、生理实验室和果品农残检测实验室；负责单位科研设施仪器使用管理；开展果园上壤养分、果树营养、果品农残检测工作；开展农药、肥料等果园投入品的质量检验检测工作；承担全市果品质量、安全评价工作。

生物技术研究中心:

  开展苹果、大樱桃、葡萄等树种无菌系种质资源的保存、开发及利用；开展果树组织培养和脱毒组培苗木繁育技术推广；承担果树生物技术类科研创新及推广项目。

果品信息技术中心:

  负责单位网站和微信平台管理工作；负责果品采后处理技术研究与推广；负责果品市场信息分析及研究，开展果园投入产出调查及评价；开展果品信息化技术及大数据分析应用研究；负责果品品牌宣传推介及保护等工作。

园艺试验中心:

  负责果树新品种、新技术及新农资的试验示范；负责老果园的更新改造；负责灌溉设施管护工作；负责生产试验工入技能提升培训。

天水市渗金山林场：

  制订林场森林生态建设与发展规划并组织实施；负责林场森林防火、林业有害生物防治、野生动物及林地林木等森林资源保护工作；负责林场封山育林、森林抚育等生态修复与建设工作；负责林场道路、管护站点等基础设施建设；开展林业科学试验研究、技术推广和苗木繁育工作。